വെള്ളാപ്പള്ളിക്കെതിരെയുള്ള എസ്.എന് കോളേജ് ഫണ്ട് തിരിമറി കേസ് ചൂണ്ടിക്കാണിച്ച് മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് കത്തയച്ച് വി.എം സുധീരന്. വെള്ളാപ്പള്ളി എസ്.എന്.ഡി.പി യോഗത്തിന്റെ തലപ്പത്ത് ഇരുന്നു കൊണ്ട് ഗുരുവചനങ്ങള്ക്ക് വിരുദ്ധമായ പ്രവര്ത്തനങ്ങളാണ് നടത്തുന്നതെന്ന് കത്തില് ആരോപിക്കുന്നു. അതുകൊണ്ട് തന്നെ നവോത്ഥാന സമിതിയുടെ അദ്ധ്യക്ഷസ്ഥാനത്ത് വെള്ളാപ്പള്ളി ഇപ്പോഴും തുടരുന്നത് ശ്രീനാരായണ ധര്മ്മങ്ങള്ക്കും കേരള സമൂഹത്തിനും അപമാനകരവും ഗുരുനിന്ദയുമാണെന്നും ഇനിയെങ്കിലും വെള്ളാപ്പള്ളിയെ നവോത്ഥാനസമിതിയുടെ അധ്യക്ഷസ്ഥാനത്ത് നിന്നും നീക്കം ചെയ്യണമെന്നുമാണ് വി.എം സുധീരന് കത്തില് ആവശ്യപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത്.
1997- 98 കാലഘട്ടത്തില് എസ്എന് കോളേജ് ജൂബിലി ആഘോഷങ്ങളുടെ ഭാഗമായി പിരിച്ചെടുത്ത ഒരു കോടിയില് അധികം രൂപയില്നിന്ന് 55 ലക്ഷം രൂപ സ്വന്തം അക്കൗണ്ടിലേക്ക് വക മാറ്റിയെന്നതാണ് കേസ്. ആഘോഷ കമ്മിറ്റിയുടെ കണ്വീനറായിരുന്നു വെള്ളാപ്പള്ളി നടേശന്. ഫണ്ട് പിരിവ് പൂര്ത്തിയായി രണ്ട് വര്ഷത്തിന് ശേഷമാണ് പൊരുത്തക്കേടുകള് എസ്എന് ട്രസ്റ്റ് ഭാരവാഹികളുടെ ശ്രദ്ധയില്പ്പെടുന്നത്. എന്നാല് ആരും പരസ്യമായി ചോദ്യംചെയ്തില്ല. തുടര്ന്ന് ട്രസ്റ്റ് അംഗമായ പി സുരേന്ദ്രബാബുവാണ് 2004 ല് ഹര്ജിയുമായി കൊല്ലം സിജെഎം കോടതിയെ സമീപിക്കുന്നത്.