വിജിലൻസ് ഡയറക്ടറായിരുന്ന ജേക്കബ് തോമസിനെ തൽസ്ഥാനത്തുനിന്നു മാറ്റാൻ നിർദേശിച്ചിട്ടില്ലെന്നു ഹൈക്കോടതി. സര്‍ക്കാരിന്റെ അവകാശത്തില്‍ വിജിലന്‍സ് കാണിക്കുന്ന അമിതാധികാരം നിയന്ത്രിക്കാത്തത് എന്തുകൊണ്ടാണെന്ന് ചോദിക്കുക മാത്രമാണ് ചെയ്തതെന്നും കോടതി വ്യക്തമാക്കി. ഇക്കാര്യത്തില്‍ തെറ്റായ വാര്‍ത്തകളാണ് വന്നതെന്ന്‍ സൂചിപ്പിച്ച കോടതി സര്‍ക്കാരിനെയും ഇത്തരത്തില്‍ ധരിപ്പിച്ചോയെന്ന്‍ സര്‍ക്കാര്‍ അഭിഭാഷകനോട് ആരാഞ്ഞു. ബജറ്റ് നിര്‍ദ്ദേശവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഒരു കേസ് പരിഗണിക്കവേയാണ് കോടതിയുടെ വിശദീകരണം വന്നത്.
ജേക്കബ് തോമസിനെതിരായ ധനകാര്യ സെക്രട്ടറിയുടെ റിപ്പോർട്ടിൻമേലുള്ള നടപടിയിൽ തീരുമാനമെടുക്കേണ്ടതു സർക്കാരാണെന്നും കോടതി വ്യക്തമാക്കി. അതു കോടതിക്കു തീരുമാനിക്കാനാകില്ല. മൂന്നാഴ്ചയ്ക്കകം സർക്കാർ തീരുമാനമെടുക്കണമെന്നും കോടതി നിർദേശിച്ചു. ധനകാര്യ സെക്രട്ടറിയുടെ റിപ്പോർട്ടിൽ നടപടി വേണമെന്ന ഹർജി പരിഗണിക്കുകയായിരുന്നു ഹൈക്കോടതി.
ഹൈക്കോടതിയിൽനിന്നുള്ള തുടർച്ചയായ വിമർശനവും ഐ.എ.എസ് ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ പ്രതിഷേധവും കണക്കിലെടുത്ത് ജേക്കബ് തോമസിനെ ഡയറക്ടർ സ്ഥാനത്തുനിന്നു മാറ്റിയിരുന്നു. ബാർ കോഴ കേസ്, ഇ.പി. ജയരാജൻ കേസ് എന്നിങ്ങനെ പലതിലും വിജിലൻസിനെ ഹൈക്കോടതി കടുത്ത ഭാഷയിൽ വിമർശിച്ചിരുന്നു. വിജിലൻസ് പ്രവർത്തനത്തിനു മാർഗരേഖ ഉണ്ടാക്കണമെന്നും പറഞ്ഞു. കേരളത്തിൽ വിജിലൻസ് രാജാണോ എന്നും കോടതി ചോദിച്ചിരുന്നു.