അഭയ കേസിലെ പ്രതിപ്പട്ടികയില്‍ നിന്നും ഫാ.ജോസ് പുതൃക്കയിലിനെ കോടതി ഒഴിവാക്കി. കേസിലെ രണ്ടാം പ്രതിയായിരുന്നു ഫാ.ജോസ് പുതൃക്കയില്‍. അതേസമയം കേസിലെ ഒന്നാം പ്രതിയായ ഫാ.തോമസ് എം. കോട്ടൂര്‍, മൂന്നാം പ്രതി സിസ്റ്റര്‍ സെഫി എന്നിവരുടെ വിടുതല്‍ ഹര്‍ജി കോടതി തള്ളി.കേസില്‍ ഇരുവരും വിചാരണ നേരിടണമെന്നും കോടതി ഉത്തരവിട്ടു. ഏഴ് വര്‍ഷം മുന്‍പ് മൂവരും നല്‍കിയ വിടുതല്‍ ഹര്‍ജിയിലാണ് ഇന്ന് വിധിയുണ്ടായിരിക്കുന്നത്.
സാഹചര്യത്തെളിവുകളുടെയും നാര്‍ക്കോ ടെസ്റ്റിന്റെയും അടിസ്ഥാനത്തില്‍ 2008 ല്‍ വൈദികരായ തോമസ് കോട്ടൂര്‍, ജോസ് പുതൃക്കയില്‍, സിസ്റ്റര്‍ സെഫി എന്നിവരെ സി.ബി.ഐ അറസ്റ്റ് ചെയ്തിരുന്നു. ഒന്നരമാസം റിമാന്‍ഡില്‍ കഴിഞ്ഞ ഇവര്‍ക്കു പിന്നീട് ഹൈക്കോടതി ജാമ്യം അനുവദിച്ചു.
തുടര്‍ന്ന് പ്രതികള്‍ക്കെതിരെ കൊലപാതകം, തെളിവുനശിപ്പിക്കല്‍ തുടങ്ങിയ കുറ്റങ്ങള്‍ ചുമത്തി കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചു. ഇതിനു പിന്നാലെയാണു കേസ് കെട്ടിച്ചമച്ചതാണെന്നാരോപിച്ചു മൂവരും വിടുതല്‍ ഹര്‍ജി നല്‍കിയത്.
ഫാ.ജോസ് പൂതൃക്കയിലിനെതിരെ തെളിവില്ലെന്ന് കോടതി നിരീക്ഷിക്കുകയും മറ്റ് രണ്ടു പ്രതികള്‍ക്കെതിരെ സി.ബി.ഐ നല്‍കിയ തെളിവുകള്‍ കോടതി സ്വീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇതോടെ സിസ്റ്റര്‍ അഭയ കേസില്‍ 26 വര്‍ഷത്തിനു ശേഷം വിചാരണയ്ക്കു സാഹചര്യമൊരുങ്ങി.
1992 മാര്‍ച്ച് 27 നു രാവിലെയാണ് സിസ്റ്റര്‍ അഭയയെ കോട്ടയം പയസ് ടെന്‍ത് കോണ്‍വെന്റ് വളപ്പിലെ കിണറ്റില്‍ മരിച്ചനിലയില്‍ കണ്ടെത്തിയത്. ആദ്യം ലോക്കല്‍ പൊലീസും പിന്നിട് ക്രൈംബ്രാഞ്ചും അന്വേഷിച്ച കേസ് സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാരിന്റെ അഭ്യര്‍ഥന പ്രകാരം 1993 മാര്‍ച്ച് 29നു സി.ബി.ഐ ഏറ്റെടുക്കുകയായിരുന്നു.
