ടി.ജി നന്ദകുമാറിനെതിരെ സി.ബി.ഐ അന്വേഷണം നടത്തണം എന്നാവശ്യപ്പെട്ട് സംസ്ഥാന സര്ക്കാര് കേന്ദ്രത്തിന് കത്തയച്ചു. ജോമോന് പുത്തന്പുരയ്ക്കലിന്റെ പേരില് വ്യാജ പരാതി നല്കിയെന്ന കേസിലാണ് സി.ബി.ഐ അന്വേഷണത്തിന് ശുപാര്ശ ചെയ്യുന്നത്.
കേരള ഹൈക്കോടതി ജഡ്ജി സ്ഥാനത്തേക്ക് പരിഗണിച്ച അഭിഭാഷകനായിരുന്ന സി.കെ അബ്ദുല് റഹീമിനെതിരെ സാമൂഹിക പ്രവര്ത്തകനായ ജോമോന് പുത്തന്പുരയ്ക്കലിന്റെ പേരില് നന്ദകുമാര് വ്യാജപരാതി അയച്ചുവെന്നാണ് കേസ്. റഹീമിന് ദാവൂദ് ഇബ്രാഹിമുമായും നിരോധിത സംഘടനയായ സിമിയുമായും ബന്ധമുണ്ടെന്നായിരുന്നു പരാതിയുടെ ഉള്ളടക്കം.
ജോമോന്റെ പരാതിപ്രകാരം സംഭവം ക്രൈംബ്രാഞ്ച് അന്വേഷിച്ചുവെങ്കിലും നന്ദകുമാറിന്റെ സ്വാധീനത്തിന് വഴങ്ങി അന്വേഷണം അട്ടിമറിച്ചെന്ന് പരാതി ഉയര്ന്നു. 2012 ഫെബ്രുവരിയില് സി.ബി.ഐ അന്വേഷണത്തിന് ശിപാര്ശ ചെയ്ത് സര്ക്കാര് വിജ്ഞാപനമിറക്കിയെങ്കിലും കേന്ദ്ര സര്ക്കാരിന് അയച്ചുനല്കിയിരുന്നില്ല. സി.ബി.ഐ അന്വേഷണത്തിനെതിരെ നന്ദകുമാര് ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ച് സ്റ്റേ വാങ്ങി.