കല്‍ക്കരിപ്പാടം അഴിമതിക്കേസില്‍ പ്രധാനമന്ത്രിയുടെ ഉപദേഷ്ടാവ് ടി.കെ.എ നായരെചോദ്യം ചെയ്യാന്‍ അനുവദിക്കണമെന്ന സി.ബി.ഐയുടെ ആവശ്യം കേന്ദ്രസര്‍ക്കാര്‍ പരിഗണിച്ചില്ല. ഇദ്ദേഹത്തെ ചോദ്യം ചെയ്യാന്‍ ആവില്ലെന്ന് കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍ സി.ബി.ഐയെ അറിയിച്ചു.
മുഖ്യ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് കമ്മീഷണര്‍ വി.എസ് സമ്പത്ത്, കമ്മീഷന്‍ അംഗം എച്ച്.എസ് ബ്രഹ്മ എന്നിവരെയും ചോദ്യം ചെയ്യാന്‍ അനുവദിക്കണമെന്ന സി.ബി.ഐ യുടെ ആവശ്യവും കേന്ദ്രസര്‍ക്കാര്‍ തള്ളി. 2006-2009 കാലഘട്ടങ്ങളില്‍ ഊര്‍ജവൈദ്യുത വകുപ്പുകളില്‍ സെക്രട്ടറിമാരായിരുന്നു ഇവര്‍. ഭരണഘടനാപരമായ പദവികള്‍ വഹിക്കുന്നതിനാലാണ് ഇവരെ ചോദ്യം ചെയ്യാന്‍ അനുവദിക്കാത്തതെന്നാണ് സര്‍ക്കാര്‍ വാദം. കഴിഞ്ഞ ജൂണിലാണ് ഇവരെ ചോദ്യം ചെയ്യാന്‍ അനുവദിക്കണമെന്ന ആവശ്യവുമായി സി.ബി.ഐ കേന്ദ്രസര്‍ക്കാരിന് കത്ത് നല്‍കിയത്.
2006-2009 കാലഘട്ടങ്ങളില്‍ പ്രധാനമന്ത്രിയുടെ പ്രിന്‍സിപ്പല്‍ സെക്രട്ടറിയായിരുന്നു ഇദ്ദേഹം. ആ സമയത്ത് കമ്പനികളുടെ യോഗ്യത പോലും കണക്കാക്കാതെ കല്‍ക്കരിപ്പാടം അനുവദിച്ചതാണ് ടി.കെ.എ നായര്‍ക്കെതിരെയുള്ള ആരോപണം. അന്ന് കല്‍ക്കരി വകുപ്പ് ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നത് പ്രധാനമന്ത്രി മന്‍മോഹന്‍സിംഗ് ആയിരുന്നു.