അഭയ കേസില്‍ ഒന്നാം പ്രതി ഫാദര്‍ തോമസ് കോട്ടുരിനും, മൂന്നാം പ്രതി സിസ്റ്റര്‍ സെഫിക്കും ജീവപര്യന്തം ശിക്ഷ. തിരുവനന്തപുരം പ്രത്യേക സി.ബി.ഐ കോടതിയാണ് ശിക്ഷ വിധിച്ചത്. ജഡ്ജി സനല്‍കുമാറാണ് വിധി പറഞ്ഞത്. കൊലപാതകം, തെളിവുനശിപ്പിക്കല്‍ തുടങ്ങിയ വകുപ്പുകളാണ് പ്രതികള്‍ക്കെതിരെ തെളിഞ്ഞിരിക്കുന്നത്.
ഒന്നാം പ്രതി ഫാ. തോമസ് എം. കോട്ടൂരിന് ജീവപര്യന്തം തടവും അഞ്ച് ലക്ഷം രൂപ പിഴയുമാണ് ശിക്ഷ വിധിച്ചത്. ഐപിസി 302 വകുപ്പ്, 201 വകുപ്പ് അനുസരിച്ചാണ് ശിക്ഷ. തെളിവ് നശിപ്പിക്കല്‍, കൊലപാതകം അടക്കമുള്ള കുറ്റങ്ങള്‍ക്കാണ് ശിക്ഷ. സിസ്റ്റര്‍ സെഫിക്കും ജീവപര്യന്തവും അഞ്ച് ലക്ഷം രൂപയുമാണ് ശിക്ഷ. 201 വകുപ്പ് തെളിവ് നശിപ്പിക്കല്‍ പ്രകാരം ഏഴ് വര്‍ഷം തടവും ഇരുവര്‍ക്കും വിധിച്ചിട്ടുണ്ട്.
സിസ്റ്റര്‍ അഭയയെ കൊലപ്പെടുത്തിയ കേസില്‍ തോമസ് കോട്ടൂരും, സിസ്റ്റര്‍ സെഫിയും കുറ്റക്കാരെന്ന് കോടതി ചൊവ്വാഴ്ച വിധിച്ചിരുന്നു. 28 വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്ക് ശേഷമായിരുന്നു അഭയക്കൊല കേസില്‍ കോടതി വിധി പറഞ്ഞത്. കൊലപാതക കുറ്റം നിലനില്‍ക്കുമെന്നും കോടതി വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു.
കോട്ടൂര്‍ കോണ്‍വെന്റില്‍ അതിക്രമിച്ച് കയറി കുറ്റകൃത്യം നടത്തി എന്നത് ഗൗരവ തരമാണ്, കൊലക്കുറ്റം തെളിഞ്ഞെന്നും പ്രതികള്‍ക്ക് പരമാവധി ശിക്ഷ നല്‍കണമെന്നും പ്രോസിക്യൂഷന്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടു. പ്രതിയായ ഫാദര്‍ തോമസ് കോട്ടൂര്‍ അര്‍ബുദ രോഗിയാണ്, അതിനാല്‍ ശിക്ഷയില്‍ പരമാവധി ഇളവ് വേണമെന്ന ആവശ്യം പ്രതിഭാഗം ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. രോഗികളായ മാതാപിതാക്കളുണ്ടെന്നും, ശിക്ഷാ ഇളവ് വേണമെന്നും സിസ്റ്റര്‍ സെഫി കോടതിയില്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടു.
1992 മാര്‍ച്ച് 27നാണ് കോട്ടയം പയസ് ടെന്‍ത് കോണ്‍വെന്റ് അന്തേവാസിയും പ്രീഡിഗ്പി രണ്ടാം വര്‍ഷ വിദ്യാര്‍ഥിയുമായ സിസ്റ്റര്‍ അഭയയെ കോണ്‍വെന്റിലെ കിണറ്റില്‍ മരിച്ച നിലയില്‍ കണ്ടെത്തിയത്. ലോക്കല്‍ പൊലീസും ക്രൈംബ്രാഞ്ചും ആത്മഹത്യയെന്ന നിഗനമത്തിലെത്തി എഴുതിത്തള്ളിയ കേസ്, പിന്നീട് കൊലപാതകമാണെന്ന് കണ്ടെത്തിയത് സി.ബി.ഐ ആണ്. ഫാ.തോമസ് കോട്ടൂര്‍, സിസ്റ്റര്‍ സെഫി എന്നിവര്‍ ഒന്നും മൂന്നും പ്രതികളാണ്. സി.ബി.ഐയുടെ കുറ്റപത്രത്തില്‍ രണ്ടാം പ്രതിയായിരുന്ന ഫാ.ജോസ് പൂതൃക്കയിലിനെ വിചാരണ കൂടാതെ കോടതി വിട്ടയച്ചിരുന്നു. കേസ് അന്വേഷണത്തിനിടെ മരിച്ച നാലാം പ്രതി മുന്‍ എ.എസ്.ഐ അഗസ്റ്റിനെയും കുറ്റപത്രത്തില്‍ നിന്നും സി.ബി.ഐ ഒഴിവാക്കിയിരുന്നു.
